中文网站
Nat Med | Habka multi-omics ee lagu sawirayo burada isku dhafan, difaaca iyo muuqaalka microbial ee kansarka mindhicirka ayaa muujinaya isdhexgalka microbiome iyo habka difaaca
In kasta oo biomarkers-ka kansarka mindhicirka aasaasiga ah si weyn loo darsay sannadihii la soo dhaafay, tilmaamaha caafimaad ee hadda jira waxay ku tiirsan yihiin oo keliya habaynta burada-lymph node-metastasis iyo ogaanshaha cilladaha dayactirka DNA-da (MMR) ama xasilloonida microsatellite (MSI) (marka lagu daro baaritaanka caadiga ah ee pathology). ) si loo go'aamiyo talooyinka daawaynta. Cilmi-baarayaashu waxay xuseen xiriir la'aanta ka dhaxaysa jawaabaha difaaca ee ku salaysan muujinta hidda-wadaha, astaamaha microbial, iyo burada stroma ee kooxda kansarka mindhicirka ee Genome Atlas (TCGA) iyo badbaadada bukaanka.
Sida cilmi-baaristu u socoto, sifooyinka tirada ee kansarka mindhicirka aasaasiga ah, oo ay ku jiraan unugyada kansarka, difaaca, stromal, ama dabeecadda microbial ee kansarka, ayaa la sheegay inay si weyn ula xiriiraan natiijooyinka caafimaad, laakiin weli waxaa jira faham xaddidan oo ku saabsan sida isdhexgalka ay u saameeyaan natiijooyinka bukaanka. .
Si loo kala saaro xiriirka ka dhexeeya kakanaanta phenotypic iyo natiijada, koox cilmi-baarayaal ah oo ka socda Machadka Sidra ee Cilmi-baarista Caafimaadka ee Qatar ayaa dhawaan sameeyay oo ansixiyay dhibco isku dhafan (mICRoScore) kaas oo tilmaamaya koox bukaanno ah oo leh heerar badbaado oo wanaagsan iyagoo isku daraya sifooyinka microbiome iyo diidmada difaaca. Joogtada (ICR). Kooxdu waxay sameeyeen falanqayn dhammaystiran oo genomic ah oo muunado cusub oo la qaboojiyey oo laga soo qaaday 348 bukaan oo qaba kansarka mindhicirka aasaasiga ah, oo ay ku jiraan taxanaha RNA ee burooyinka iyo unugyada mindhicirka oo caafimaad qaba, isku xigxiga guud ee unugyada T-unugga qoto dheer iyo taxanaha hiddo-wadaha 16S bakteeriyada rRNA, oo lagu kabo buro dhan isku xigxiga genome si loo sii tilmaamo microbiome-ka. Daraasada waxaa lagu daabacay Dabeecadda Dabiiciga sida "Buro isku dhafan, difaac iyo microbiome atlas of kansarka mindhicirka".
Maqaal lagu daabacay Daawaynta Dabeecadda
Dulmarka AC-ICAM
Cilmi baadhayaashu waxay isticmaaleen madal genomic ah oo orthogonal ah si ay u falanqeeyaan muunado cusub oo buro ah oo barafaysan iyo isu dhigma unugyada mindhicirka caafimaad qaba ee ku xiga (burada-lammaanaha caadiga ah) ee bukaannada leh baadhitaan taariikhi ah oo kansarka mindhicirka ah iyada oo aan lahayn daawaynta habaysan. Iyada oo ku saleysan taxanaha-exome sequencing (WES), xakamaynta tayada xogta RNA-seq, iyo baadhista shuruudaha ka mid noqoshada, xogta genomic ee bukaannada 348 ayaa la hayaa oo loo isticmaalay falanqaynta hoose iyada oo la raacayo dhexdhexaadinta sanadaha 4.6. Kooxda cilmi-baadhistu waxay u magacaabeen kheyraadkan Sidra-LUMC AC-ICAM: Khariidad iyo hagaha is-dhexgalka difaaca-kansarka-microbiome-ka (Jaantuska 1).
Kala soocida molecular iyadoo la adeegsanayo ICR
Qabashada jaangooyooyin habaysan oo ah calaamadaha hidde-sidaha difaaca ee ilaalinta kansarka joogtada ah, oo loo yaqaan difaaca joogtada ah ee diidmada (ICR), kooxda cilmi-baadhistu waxay hagaajiyeen ICR-da iyaga oo isku koobay guddi 20-heer ah oo daboolaya noocyo kansar oo kala duwan, oo ay ku jiraan melanoma, kansarka kaadiheysta, iyo kansarka naasaha. ICR ayaa sidoo kale lala xiriiriyay jawaab celinta difaaca jirka ee noocyo kala duwan oo kansar ah, oo uu ku jiro kansarka naasaha.
Marka hore, cilmi-baarayaashu waxay ansixiyeen saxiixa ICR ee kooxda AC-ICAM, iyadoo la adeegsanayo habka ICR-ku-saleysan wada-shaqeynta si ay kooxda u kala saaraan saddex qaybood / noocyo hoosaadyo difaaca: ICR sare (burooyin kulul), ICR dhexdhexaad ah iyo ICR hoose (qabow). burooyinka) (Jaantuska 1b). Cilmi-baadhayaashu waxay sifeeyeen u nugulnaanta difaaca ee la xidhiidha is-afgarad-hoosaadka molecular subtypes (CMS), oo ah kala soocida qoraal-ku-saleysan ee kansarka mindhicirka. Qaybaha CMS waxaa ka mid ahaa CMS1/immune, CMS2/canonical, CMS3/metabolic iyo CMS4/mesenchymal. Falanqaynta ayaa muujisay in buundooyinka ICR ay si xun ula xiriiraan dariiqyada unugyada kansarka qaarkood ee dhammaan noocyada hoose ee CMS, iyo isku xirnaanta togan ee difaaca difaaca iyo dariiqyada stromal-ka ayaa lagu arkay kaliya burooyinka CMS4.
Dhammaan CMS, tirada badan ee unugyada dabiiciga ah ee dilaaga ah (NK) iyo unugyada T-yada ayaa ugu sarreeya ICR-yada difaaca sare ee sare, oo leh kala duwanaansho weyn oo ku jira qaybaha kale ee leukocyte (Jaantus 1c) . gudaha ICR min hoose ilaa sare (Jaantuska 1d), ansixinta doorka saadaasha ee ICR ee kansarka mindhicirka.
Jaantus 1. AC-ICAM naqshadaynta daraasadda, saxeexa hidde-sidaha difaaca ee la xidhiidha, difaaca iyo unugyada unugyada iyo badbaadada.
ICR waxay qabataa unugyada T-yada ee buro-ku-xoojisay, oo si weyn loo xoojiyay
Kaliya tiro yar oo ka mid ah unugyada T ee galaya unugyada burooyinka ayaa la soo sheegay inay gaar u yihiin antigens-ka buro (in ka yar 10%). Sidaa darteed, inta badan unugyada T-gudhoodka waxaa loo tixraacaa sida unugyada T-ga taagan (unugyada T ag-joogta ah). Xidhiidhka ugu xoogan ee tirada unugyada T-ga caadiga ah ee leh TCR-yada wax soo saarka leh ayaa lagu arkay unugyada stromal-ka iyo leukocyte-hoosaadyada (oo lagu ogaaday RNA-seq), taas oo loo isticmaali karo in lagu qiyaaso tirada unugyada T unuga (Jaantuska 2a). Kooxaha ICR (guud iyo kala soocida CMS), clonality-ka ugu sarreeya ee difaaca SEQ TCRs ayaa lagu arkay ICR-sare iyo CMS-hoosaadka CMS1 / kooxaha difaaca (Jaantus 2c), oo leh saamiga ugu sarreeya ee burooyinka sare ee ICR. Isticmaalka qoraalka oo dhan (Hidosyada 18,270), lix hiddo-wade ICR (IFNG, STAT1, IRF1, CCL5, GZMA, iyo CXCL10) waxay ka mid ahaayeen tobanka gen ee ugu sarreeya ee si togan ula xiriira TCR difaaca SEQ clonality (Jaantuska 2d). ImmunoSEQ TCR clonality waxay si aad ah ula xiriirtay inta badan hiddo-wadaha ICR marka loo eego isku xirnaanta lagu arkay iyadoo la isticmaalayo calamadaha CD8+ buro ka jawaabeysa (Jaantuska 2f iyo 2g). Gebogebadii, falanqaynta sare waxay soo jeedinaysaa in saxeexa ICR uu qabto joogitaanka unugyada T-da ee buro-kodan, clonally la xoojiyay oo laga yaabo inay sharaxdo saamaynta saadaasha.
Jaantus 2. Qiyaasta TCR iyo isku xidhka hiddo-wadaha difaaca-xidhiidhka ah, noocyada hoosaadyada difaaca iyo molecular.
Halabuurka Microbiome ee caafimaadka qaba iyo unugyada kansarka mindhicirka
Cilmi baadhayaashu waxay sameeyeen isku xigxiga 16S rRNA iyaga oo isticmaalaya DNA laga soo saaray burada u dhigma iyo unug caafimaad qaba 246 bukaan (Jaantus 3a). Si loo ansixiyo, cilmi-baarayaashu waxay sidoo kale falanqeeyeen xogta taxanaha hiddo-wadaha 16S rRNA laga soo qaaday muunado 42 dheeraad ah oo buro ah oo aan ku habboonayn DNA-da caadiga ah ee loo heli karo falanqaynta. Marka hore, cilmi-baarayaashu waxay is barbar dhigeen tirada badan ee flora ee u dhexeeya burooyinka isku midka ah iyo unugyada mindhicirka caafimaadka qaba. Clostridium perfringens ayaa si aad ah ugu kordhay burooyinka marka loo eego shaybaarada caafimaadka qaba (Jaantuska 3a-3d). Ma jirin farqi weyn oo u dhexeeya kala duwanaanshaha alfa (kala duwanaanshaha iyo tirada badan ee noocyada ku jira hal muunad) inta u dhaxaysa buro iyo muunado caafimaad qaba, iyo hoos u dhac yar oo kala duwanaanshaha microbial ayaa lagu arkay burooyinka sare ee ICR marka loo eego burooyinka hoose ee ICR.
Si loo ogaado ururada ku habboon kiliinikada ee ka dhexeeya astaamaha microbial iyo natiijooyinka caafimaad, cilmi-baarayaashu waxay rabeen inay adeegsadaan xogta taxanaha hiddo-wadaha 16S rRNA si loo aqoonsado astaamaha microbiome ee saadaaliya badbaadada. Markay ahayd AC-ICAM246, cilmi-baarayaashu waxay ku ordeen qaabka dib-u-celinta OS Cox kaas oo doortay 41 sifooyin oo leh isugeyn aan eber ahayn (oo ku xiran khatarta dhimashada kala duwan), oo loo yaqaan 'classifiers MBR' (Jaantus 3f).
Kooxdan tababarka (ICAM246), dhibcaha MBR hooseeya (MBR<0, MBR hoose) ayaa lala xiriiriyay khatar aad u yar oo dhimasho ah (85%). Cilmi baadhayaashu waxay xaqiijiyeen xidhiidhka ka dhexeeya MBR hooseeya (khatar) iyo OS-da dheer ee laba koox oo si madaxbanaan loo ansaxiyay (ICAM42 iyo TCGA-COAD). (Jaantuska 3) Daraasadu waxay muujisay xidhiidh xooggan oo u dhexeeya cocci endogastric iyo buundooyinka MBR, kuwaas oo la mid ah burooyinka iyo unugyada xiidanka caafimaad qaba.
Jaantuska 3. Microbiome ee burooyinka iyo unugyada caafimaadka qaba iyo xidhiidhka ICR iyo badbaadada bukaanka.
Gabagabo
Habka multi-omics ee loo isticmaalo daraasaddan ayaa awood u siinaya in si fiican loo ogaado iyo falanqaynta saxiixa molecular ee jawaabta difaaca ee kansarka mindhicirka waxayna muujinaysaa isdhexgalka ka dhexeeya microbiome iyo habka difaaca jirka. Isku xigxiga qoto dheer ee TCR ee buro iyo unugyo caafimaad qaba ayaa shaaca ka qaaday in saamaynta saadaasha ee ICR ay sabab u tahay awoodda ay u leedahay inay qabato buro-kooban iyo suurtogalnimada unugyada T unugyada antigen-gaarka ah.
Iyadoo la falanqeynayo halabuurka microbiome buro iyadoo la adeegsanayo taxanaha hiddo-wadaha 16S rRNA ee muunadaha AC-ICAM, kooxdu waxay aqoonsatay saxeex microbiome (dhibcaha halista MBR) oo leh qiime saadaalineed oo xooggan. Inkasta oo saxeexan laga soo qaatay muunado buro, haddana waxa jiray xidhiidh xooggan oo u dhexeeya midabka caafimaadka leh iyo buro dhibcaha halista MBR, taasoo soo jeedinaysa in saxeexan laga yaabo inuu qabto halabuurka microbiome ee bukaanka. Marka la isku daro buundooyinka ICR iyo MBR, waxaa suurtagal ah in la aqoonsado oo la ansixiyo biomarker arday badan oo omic ah kaas oo saadaaliya badbaadada bukaanka qaba kansarka mindhicirka. Xog-ururinta cilmi-baadhiseed ee kala duwan ayaa bixisa kheyraad si loo fahmo bayooloojiyada kansarka mindhicirka iyo caawinta helitaanka hababka daweynta ee gaarka ah.
Waqtiga boostada: Juun-15-2023
Dejinta qarsoodiga