Nat Med | Qaab-dhismeedka badan ee loo yaqaan '

Nat Med | Qaab-dhismeedka omic-omics si loo habeeyo burada isku dhafan, samir iyo muuqaalka muuqaalka ah ee kansarka mindhicirka wuxuu muujiyaa is-dhexgalka microbiome-ka nidaamka difaaca jirka
In kasta oo biomarkers ee kansarka samafalka aasaasiga ah uu si balaaran loogu bartay sannadihii ugu dambeeyay, tilmaamaha caafimaad ee hadda jira oo ay ku tiirsan tahay oo keliya ciladaha dayactirka ee 'Tumphasis'. Baarayaasha waxay xuseen urur la'aan u dhexeysa jawaabaha difaaca ee ku saleysan muujinta hidda-wadaha, talooyinka microbial, iyo burooyinka burooyinka ee kansarka Genome Atlas (TCGA) Coadhada Kansarka Midawga iyo Badbaadinta Bukaanka.

Maaddaama cilmibaadhistu horumarto, astaamaha tirooyinka kansarka aasaasiga ah, oo ay ku jiraan kansarka kansarka, samafalka, stromial, ama dabeecadda microbial ee kansarka, laakiin wali waxaa jira faham guud oo ku saabsan sida is-dhexgalka ay u saameeyaan natiijooyinka bukaanka.
Si aad u kala duceyso xiriirka ka dhexeeya kakanaanta 'phenotic' iyo natiijada cilmi baarayaal ka socda Machadka Cilmi-baarista Caafimaadka ee Qatar ee Qatar-galanka oo leh sicir-bararka oo ay ku jiraan astaamaha microbiome-ka iyo caqabadaha diidmada ah (ICR). Kooxda ayaa qabatay falanqayn dhameystiran oo ku saabsan muunado dhalan oo cusub oo laga soo bilaabo 348 bukaan oo leh kansarka hoose ee zacna, oo ay ku habboon yihiin burooyinka yar yar, oo ay ka buuxsameen isku xigxigyada Daraasadda waxaa lagu soo daabacay dawada dabiiciga ah "buro isku dhafan, ifafaale iyo kafaalasho iyo atlas ee kansarka xiidanka".

Maqaalka waxaa lagu daabacay dawada dabiiciga ah

AC-ICAM Guudmar

Baarayaasha waxay isticmaaleen in lagu sameeyo masraxa cilmiga ortogoggal ee orthogonal si ay u falanqeeyaan tuduxyada barafka qaboojiyaha ah waxayna la jaan qaadayaan unugyada unugyada ee caafimaad qaba (buro-caadi ah) bukaanka qaba cudurka kansarka ee dhalada ee aan lahayn daaweynta kansarka. Iyada oo ku saleysan isku xigxiga oo dhan (WES), Xakameynta Xogta tayada leh ee RNA-Seq, iyo natiijooyinka isku-darka, xogta galmada laga bilaabo 348 bukaan ayaa la ilaaliyay oo loo adeegsaday dabagalka hoose ee dabagalka dhexdhexaadka ah ee 4.6 sano. Kooxda cilmibaadhista ayaa loo magacaabay kdra-Lumc AC-ICAM: Khariidad iyo hage loogu talagalay is-dhexgalka is-dhexgalka-kansarka-kansarka (Jaantuska 1).

Kala soocidda molikalilal iyadoo la adeegsanayo ICR

Qaadhicinta aaladaha gawaarida hidda-wadaha ee difaaca jirka ee loo yaqaan 'Thopipive', oo loo yaqaan 'ICR', Kooxda cilmi-baarista waxay ku wareejisay ICR-ka oo daboolaya noocyada cudurka kansarka, oo ay ku jiraan kansarka ka dhaca ee 20--ah, kansarka kaadiheysta, iyo kansarka kaadiheysta. ICR waxay sidoo kale la xiriirtay jawaabta ismarada ee noocyo badan oo cudurka kansarka ah, oo ay kujirto kansarka naasaha.

Marka hore, cilmi-baarayaashu waxay ansaxiyaan saxiixa ICR-ga ee kooxda AC-ICAM, iyadoo la adeegsanayo qaab-dhismeedka isku-------eeyo ee ku saleysan ee ICR-ka si loo kala saaro isku-darka saddex qaybood. Cilmi baadhayaashu waxay gaabsadeen damaca difaaca jirka ee la xidhiidha kororka taranka moolka (CMS), oo ah kala-soocidda ku saleysan ee ku saleysan kansarka xiidanka. Qaybaha CMS waxaa ka mid ah CMS1 / Immune, CMS2 / Canonical, CMS3 / Btabolic iyo CMS4 / Mesenchyl. Falanqaynta ayaa muujisay in dhibcaha ICR ay si xun ula xiriirtay wadooyinka unugyada kansarka qaarkood dhammaan noocyada CMS, iyo xiriir wanaagsan oo lala yeesho dariiqyada la xiriira tallaalka iyo wadooyinka la xiriira cudurka 'CMS4'.

Dhamaan CMS, oo ah tirada dilaaga ah ee dilaaga ah (Nk) oo ah unugyada dilaaga ah iyo kuwa ugu sarreeya

Jaantus 1. Qaab dhismeedka Daraasadda Ac-ICAM, Saxeex Hante oo laxiriirta, Immudal iyo Dhalmada iyo Dhalmada Moosha iyo Badbaadinta.
ICR oo qabsaday buro-hoy, si adag u kordhay
Kaliya unugyada tirada yar ee t oo loo yaqaan 'burooyinka' burooyinka ku soo dhacaya burooyinka burooyinka Sidaa darteed, unugyada intra-burada ee intra-burooyinka waxaa lagu tilmaamaa unugyada tusmada (unugyada tusaalaha ah). Xiriirka ugu adag ee leh tirada unugyada caadiga ah ee TCR-yada wax soo saarka leh ayaa lagu arkay iyada oo ka hooseeya nabarrada unugyada iyo leukokyte-ka (oo ay u adeegsan karaan RNA-SEQ), kaas oo loo isticmaali karo in lagu qiyaaso nus-hoosaadka unugyada (Jaantuska 2A). Qeybta ICR (guud ahaan kala soocida CMS), xulashada ugu sarreysa ee SEQ TCR-yada ayaa lagu arkay ICR-sare iyo CMS-ga Subtype CMS1 / Expvenpe (Jaantus 2C), oo leh saamiga ugu sarreeya ee burooyinka ICR-sare. Adigoo isticmaalaya guud ahaan transcritome (18,270 hiddo-wadeyaal), lix hidde oo ah (IFNG, Stat1, CCL1, CCMC10) waxay ka mid ahaayeen tobanka hiddo ee ugu sareeya ee laxiriira TRQ-ka TRQ-ka (Jaantuska 2D). Xannaanooyinka TRCRASISKA TRCROSASI CRRENITLE waxay si xoog badan ula xiriirtaa inta badan hidde-wadaha ICR marka loo eego xiriirkii lagu arkay iyada oo la adeegsanayo burada-cd + calaamadaha (Jaantus 2F iyo 2F). Gunaanad, falanqaynta kor ku xusan waxay muujineysaa in saxiixa ICR ay qabsanayso jiritaanka buro-hon-hon, oo si xun u kordhay ee TMITS waxaana laga yaabaa inay sharxaan saameynta saadaasha.

Jaantus 2. Cinwaanka TRCR-yada iyo xiriirka hiddaha ee la xiriira tallaalka ee la xiriira jirka, tallaalka iyo molikaulal.
Ka kooban microbiome-ka unugyada kansarka ee caafimaadka qaba
Baarayaasha ayaa qabtay 16s rrna isku xigxiga iyadoo la adeegsanayo DNA ka soo baxay buro ku habboon iyo burooyinka ku habboon ee ka soo baxa 246 bukaan ah (Jaantuska 3A). Ansixinta, cilmi baadhayaashu waxay marka la falanqeeyeen 16s Rirna hidde-wadeyaasha hidde-ka ee taxanaha ah ee laga soo bilaabo shaangyo dheeri ah oo dheeraad ah 42 buro ah oo aan la barbar dhigin DNA-da caadi ah ee la heli karo falanqaynta. Marka hore, cilmi-baarayaashu waxay isbarbar dhigaan qaraabada badan ee Flora inta u dhexeysa burooyinka ku habboon iyo unugyada xiidanka qaba. Clouteridium-ka ayaa si weyn kor ugu kacay burooyinka marka loo barbar dhigo saamiyada caafimaad qaba (Jaantuska 3A-3D). Ma jirin wax farqi weyn ah oo ku saabsan kala duwanaanta Alfa (kala duwanaanta iyo noocyada badan ee muunad ah) oo u dhexeeya burooyinka iyo samballada caafimaadka leh, iyo dhimis yar oo ku saabsan kala duwanaanta microbial-ka ayaa lagu arkay kaararka kala duwanaanshaha ee ICR-ka ee la xiriira hufrada ICR-ka.
Si loo ogaado Jaaliyadaha Micrical ee u dhexeeya astaamaha microbial iyo natiijooyinka caafimaad, cilmi-baarayaashu waxay ujeedadoodu tahay in ay adeegsadaan macluumaadka 16-ka ee hidde ee loo yaqaan 'menne hidde' ee lagu aqoonsado astaamaha microbiome-ka ee saadaalinta badbaadada. AC-ICAM246, cilmi-baarayaashu waxay ku ordeen modeedka 'OS Cox Cox Count' ee la xushay 41 astaamo leh isku-darka aan eber ahayn (oo la xidhiidha halista dhimashada (ee loo yaqaan 'MBR', oo loo yaqaan 'MBR-ga' (Jaantus 3F).
Kooxda tababarkan ee tababarkan (Icam246), dhibcaha MBR hooseeya (MBR <0, MBR-yada hoose) waxay la xiriirtay khatarta aad u yar ee dhimashada (85%). Baarayaasha ayaa xaqiijiyey ururka u dhexeeya Ururka Hoose (Khatarta) iyo OS-ga daba-dheereeya ee ka mid ah laba wadayaal oo madaxbanaan (ICAAM42 iyo TCGA-Codow). (Jaantuska 3) Daraasadu waxay muujisay xiriir adag oo ka dhexeeya Endogrostric Coccci iyo dhibcaha MBR, oo ay la mid ahaayeen burada iyo caafimaadka qaba xanuunka.

Jaantus 3. Microbiome ee burada iyo unugyada caafimaadka qaba iyo xiriirka lala yeesho ICR iyo badbaadada bukaanka.
Gabagabo
Qaabka kala duwan ee loo adeegsado daraasaddan ayaa u sahleysa ogaanshaha qoraalka iyo falanqaynta saxiixa molikalicalar ee wax ka qabashada kansarka mindhicirka wuxuuna muujinayaa is-dhexgalka ka dhexeeya microbiome iyo nidaamka difaaca. Iskuxirka qotodheer ee TRCENE ee burada iyo unugyada caafimaad qaba ayaa shaaca ka qaaday in saameynta saadaasha ee saadaasha ee ICR laga yaabo inay sabab u tahay awooda ay ku qabato buro-qafiif ah oo qaas ah oo qax ah.

Iyada oo la eegaysa burooyinka buro-ka microbiome iyadoo la adeegsanayo 16s rrna ee hidde-wadaha ee 16-ka ee isku xidhka muunadaha AC-IMAM, kooxda waxay cadeeyeen microbiome SAXIIX (MBR-ga halista MBR) oo leh qiime samafal adag) In kasta oo saxeexani laga soo saaray muunadan Tus, waxaa jiray xiriir xoog leh oo ka dhex dhacaya dhibcaha caafimaadka leh iyo buro MBR-ga oo halis ah, oo soo jeedinaya in saxeexani ay qaban karto halabuurka 'Microbiome' ee bukaanka. Adoo isku daraya dhibcaha ICR iyo MBR, waxaa suurta gal ah in la garto oo la caddeeyo biomark-ka badan ee ardayda badan ee saadaalinta badbaadada bukaanka qaba kansarka xiidanka. Daraasada 'Dheeraadka' ee Dheeraad ah ayaa bixiya ilo ay sifiican u fahmaan bayoolaji kansaro kansarka oo ay ka caawiyaan helitaanka qaabab dawladeed oo shaqsiyeed.

Tixraac:
Rolans, J., Kuppen, PJK, Axmed, EI et al. Burooyinka isku dhafan, kafaala-gacmaha iyo atlebiome ee kansarka xiidanka. Nat Med 29, 1273-1286 (2023).